神秘岛地心历险记2故事延续前作，小丑（华金·菲尼克斯 Joaquin Phoenix 饰）被捕入狱并开始接受心理治疗，他在精神病院遇到崇拜他的“病人”哈莉·奎茵（Lady Gaga 饰），两人发展出一段极度危险又扭曲的浪漫恋情。小丑还发现了一直存在于内心深处的音乐。