源氏物语千年之恋讲述尼莫船长和他充满传奇性的潜水艇“鹦鹉螺号”的起源故事。尼莫（沙扎德·拉蒂夫 饰），一个印度王子，他被剥夺了权利和家庭，成为东印度公司的囚徒，想要向夺走了自己的一切的势力复仇。此后他开始航海之旅，一边抵抗敌人，一边发现那些有魔力的水下世界。